Почему и в чем разница между ишаком и аслом ?

С точки зрения биологии, ни в чем.

Оба слова означают животное, принадлежащее к виду Equus asinus. Ишаком принято называть только домашнюю форму животного, в то время как «осел» может означать как домашнего, так и дикого осла, который до сих пор встречается в северо-восточной Африке.